AbiPy

使用 AbiPy 提取 ABINIT 几何优化轨迹并在 OVITO 中可视化

Published: 2026-03-30

在第一性原理材料计算中,ABINIT 是一款极为强大的软件平台,而它的结构输出往往依赖专门的解析工具来进行提取与转化。借助 AbiPy 与 Python 库的强大特性,我们不仅可以克服环境模块兼容性的阻碍,还能无缝实现多步骤几何优化轨迹(HIST.nc)往 Extended XYZ 格式的批量转换。本指南将介绍如何自动化完成这一提取任务,为基于 OVITO 的晶格渲染与三维结构动态可视化铺平道路。

Extracting Optimised Structures from ABINIT Output Files Using Abipy

Published: 2025-11-16

This guide demonstrates how to extract optimised crystal structures from ABINIT's NetCDF output files using the Abipy library. The workflow presented here simplifies the process of retrieving final geometries, tracking optimisation trajectories, and exporting structures in multiple formats for further analysis.

使用 abipy 批量提取 VASP 几何优化的最终结构

Published: 2026-03-19

在进行密度泛函理论(DFT)等高通量计算任务时,从大量的计算目录下提取出几何优化完成的最终晶体结构往往是一项繁琐的工作。本文将分享一个实用的 Python 脚本,它整合了 abipypymatgen,能够自动遍历计算目录、判断收敛状态,并高效地提取出用于后续计算的 VASP POSCAR 文件。